Yhdessä 2000-luvun Neo-Tokion mahtavassa kaupungin tornitalossa hallitus puuhailee salaisen ohjelman kimpussa. Siellä kokoontuu epämääräinen joukko yksilöitä. Kaikkein häilyväisin heistä on Tetsuo, kiusattu, murhaavan yliluonnollisia voimia omaava rikollinen. Ohjelman pääjehu, Eversti, toivoo että Tetsuota voitaisiin käyttää vastustamaan jopa vielä suurempaa uhkaa... vielä uinuvaa paranormaalia jättiläistä AKIRAA. Mutta ohjelman kolme mutanttia lasta pitävät Tetsuon läsnäoloa uhkaavana. Ja siellä olevat kaksi vankia - hallituksen vastainen agentti, Kay, ja Tetsuon entinen ystävä, Kaneda - tekisivät mitä vain estääkseen Tetsuota päästämästä voimiaan uudelleen irti. Kaikki nämä yksilöt ovat kuolettavan tapahtumaketjun vankeja, pelaajia koko maailmaa järisyttävässä tapahtumassa.
